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    • Posted December 14 , 2016

    2015 投资高科技 新闻-007 袖珍DNA测序成真

    转自每日科学 (http://www.sciencedaily.com/Science News)。

    由超越实验室编辑翻译 2015年10月21日,注意:长度和内容有编辑

    袖珍DNA测序成真

    发布日期:2015年10月15日

    资源:欧洲生物信息学研究所EMBL-EBI

    摘要:

    Oxford Nanopore Technologies的微型传感装置数据的公众化,使国际合作团可以评估微型传感装置技术并提供其使用的标准步骤。对从五个不同实验室中产生的数据所做的初步分析表明该装置性能和精度的一致性良好。在期刊F1000Research, Nanopore analysis channel中现免费提供数据为重新分析和创新所用。

    Mini DNA sequencer tests true

    Date: October 15, 2015

    Source: European Bioinformatics Institute EMBL-EBI

    Summary:

    Public access to Oxford Nanopore’s MinION™ miniature sensing device has enabled an international consortium to evaluate the technology and provide a standard protocol for its use. Preliminary analysis of data generated in five very different laboratories indicates the performance and accuracy of the device is consistently good. Data are freely available for re-analysis and innovation in the Nanopore analysis channel on F1000Research.

    nanopore

    纳米孔微型USB连接的传感装置 来源: Oxford Nanopore Technologies

    由Oxford Nanopore Technologies开发的手持DNA测序设备,已通过由欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI)协调的一个独立的国际合作团体的测试和评估。这一创新设备开辟了测序技术可能的新领域,例如在追踪疾病爆发,检验包装食品或受保护物种的贩运。

    工作原理是检测通过纳米孔的单个DNA碱基,而不像现有的测序技术,此技术可以读出一气呵成的长度。此设备最初是提供给在世界各地的成千上万的实验室。这些实验室里的科学家们由此得到启发而进行技术探讨,并通过纳米孔微型传感装置数据的公众化计划(MAP)而促其发展。

    纳米孔测序的共同发明者兼牛津纳米孔公司的顾问,以及MAP的参与者,加州大学圣克鲁斯分校的Mark Akeson 说。“MAP是一个非常宏伟的事业。由于该设备仅重100克,牛津纳米孔公司可以很容易地在全球超过1000实验室分享数据。其中一些能工巧匠并发明了新的信息学工具或实验室技术,提高和改善此仪器的功能”。他还说:“该设备目前运行良好,特别是对病毒和细菌基因组的测序。 因而你可将仪器运往世界任何一地,并知道你会得到同样的测试结果。在不远的将来,我们就会考虑不受任何限制的测序。这对需要解决具有挑战性的环境中的关键问题的人们是一大变化:如在近期爆发的西非埃博拉埃期间跟踪博拉病毒株,另一个具有挑战性的环境是空间 -美国航空航天局的国际空间站将首次进行太空中DNA测序仪器的测试”。

    在牛津大学工作的第一作者Camilla Ip补充说:“在短短几年的时间里,人们可以从基本的基因组学研究中删除几个步骤。比如老师使用此设备在教室里,用从未敢想的,新的,令人激动的方式来教授科学”。她还说:“我使用此仪器在牛津一中学的项目中,因为这种技术在几年的时间可能会成为每天生活的一部分。正是这些即将进入大学和走向工作的孩子们将创建新的智能手机应用程序,并使此传感设备的应用超过我们的想象”。在英国,美国,加拿大和荷兰五个实验室对相同的大肠杆菌分离物(菌株K-12的亚菌株MG1655),使用统一的操作步骤进行了两套10项的实验。 各实验室之间产生的数据的准确性和重现性是一致的,而且质量良好。然而,还有很多工作要做:分子到流通池的传递,软件流程的明晰度等诸多领域。

    Journal Reference:

    1. Camilla L.C. Ip, Matthew Loose, John R. Tyson, Mariateresa de Cesare, Bonnie L. Brown, Miten Jain, Richard M. Leggett, David A. Eccles, Vadim Zalunin, John M. Urban, Paolo Piazza, Rory J. Bowden, Benedict Paten, Solomon Mwaigwisya, Elizabeth M. Batty, Jared T. Simpson, Terrance P. Snutch, Ewan Birney, David Buck, Sara Goodwin, Hans J. Jansen, Justin O’Grady, Hugh E. Olsen. MinION Analysis and Reference Consortium: Phase 1 data release and analysis. F1000Research, 2015; DOI: 12688/f1000research.7201.1
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